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Numerosi nuclei abitativi circondavano Carpignano. In quello di Cacorzo, ricco di masserie, neviere e giardini, con la grande colombaia di fine Quattrocento, esisteva la cripta di San Giovanni Battista, che aveva accanto altre grotte e un vasto frantoio ipogeo.
Qualcosa sarà avvenuto nel 2 luglio 1568, se la tradizione narra di un'apparizione della Madonna e gli atti ufficiali parlano del ritrovamento di un'immagine della Madonna.
Con le offerte raccolte, fu ristrutturata la cripta e su di essa fu costruita una grande chiesa a croce latina e un'abbazia. Oggi si avanza l'ipotesi che tutto il complesso dell'abbazia di Santa Maria della Grotta sia stato disegnato da Gabriele Riccardi; ma con molte probabilità chiesa e abbazia furono costruite dalle stesse maestranze di Santa Croce di Lecce. Tutto l'edificio fu costruito tra il 1570 e il 1585. Fu sede di abati di nomina pontificia prima e reale dopo. Oggi la chiese è denominata Santuario della Madonna della Grotta. Vi si conservano affreschi degli ultimi anni dei Cinquecento e dei primi del Seicento e una grande tela (1601) di Ippolito Borghese. I restauri effettuati dopo il 1937 e recentemente hanno riportato l'abbazia agli antichi splendori.
Nella cripta si conserva l'affresco ritrovato nel 1568 e altri elementi dei primi anni del Seicento.
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Le fonti riferiscono che sarebbe sorta alla fine del Quattrocento nella parte più alta del paese, dentro le mura, non lontano dal palazzo del feudatario e del castello. Era una chiesa a due navate con due porte sul frontale.
